（一）為因應本法禁止公務人員協會罷工權之行使，爰設計一套協商、調解及爭議裁決之協議機制。使公務人員得透過依本法組織之全國公務人員協會或機關公務人員協會，就本法所定之協商事項，向該協商事項之主管機關提出協商；如協商事項之主管機關未於期限內進行協商或協商不成或未完全履行協商結果時，則賦予公務人員協會得向其各該層級協會之主管機關申請調解，倘上開爭議事項經由公務人員協會之主管機關進行調解，仍無法解決時，再由公務人員協會向銓敘部申請爭議裁決，或透過主管機關函請銓敘部組成爭議裁決委員會處理。
（二）協商、調解及爭議裁決之機制，其中「協商」是參酌勞動三權之一「團體協商權」所為之設計，旨在使公務人員協會能透過協商機制與協商事項之主管機關進行協商。「調解」則係進入爭議裁決前的折衝，為使公務人員協會功能得以發揮並提供機關再次審視原有協商結果之妥適性，本法賦予公務人員協會得申請調解之機制，倘爭議事項經由公務人員協會之主管機關進行調解仍無法解決時，再經由爭議裁決委員會予以「裁決」；因爭議裁決具備「裁決」之性質，且本法第四十四條規定，其有拘束爭議當事人及其他關係機關之效力，亦不得聲明不服，又本法業對協商、調解、爭議裁決之執行期限詳加規定，應無冗長之慮，故不宜未經調解即逕行爭議裁決。