目的事業主管機關係按各公務人員協會章程所訂之宗旨任務涉及之目的事業之性質而定，如環保業務，以環保署為目的事業主管機關，衛生業務，以衛生署為目的事業主管機關，稅賦業務，以財政部為目的事業主管機關。又主管機關審查公務人員協會申請許可案件，對於章程內容列有目的事業主管機關依法主管事項者，應會商目的事業主管機關。
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